Trzecia kadencja działalności władz klubu przypadła na okres transformacji piłki dziecięcej i młodzieżowej w naszym mieście.
W 2011 została powołana do życia Akademia Piłki Nożnej GKS Tychy a jednym ze współzałożycieli był nasz klub obok MOSM Tychy, Pionier Tychy oraz Grom Tychy.
Na mocy porozumienia między klubami zawodnicy najstarszych drużyn Chrzciciela zasilili szeregi nowopowstających drużyn Akademii. W roku 2011 zostały przekazane drużyny roczników 1996, 1997, 1998 w liczbie 64 zawodników co stanowiło połowę ilości zawodników tworzonej Akademii. W klubie pozostały natomiast ekipy roczników 1999, 2000, 2001/02 które jako drużyny Szkółki Partnerskiej Akademii dalej szkoliły młodzież na przedostatnim poziomie szkolenia wraz z MOSM Tychy.